Stvarni početak rada zavičajnog muzeja vežemo za 24. april 1950. godine. Na osnivačkoj konferenciji prisustvovalo je oko 40 građana, pomoćnik ministra prosvjete Bosne i Hercegovine Vlajko Ubavić, direktor Zemaljskog muzeja iz Sarajeva Špiro Kulišić, povjerenik Oblasnog narodnog odbora za prosvjetu Mihajlo Laličević.
U ovaj savjet su izabrani: Radovan Papić, predsjednik, Dušan Grk, potpredsjednik Oblasnog narodnog odbora, Husaga Ćišić, Sava Semiz, fra Pavo Dragičević, profesori: Boso Miladin, Munevera Mahić, Dimitrije Kurilić, Sulejman Kulenović, Duško Čapin, Filip Bašić i Božo Pejković; zatim Povjerenik za Prosvjetu i kulturu ONO Mihajlo Laličević, Safet Čišić, Nada Bitanga-Novak, Mile Ratković, Puba Losse, Mirko Bruk, Hasan Dedić, Karlo Afan de Rivera, Zorka Ostojić, Dobro Kuljić i Malaček.
Četiri odjeljenja Muzeja: Odjeljenje historije, arheologije, etnologije i književnosti postale su i ostale osnova rada sve do danas.
Već 1955. godine otvorena je prva stalna postavka na kojoj je prikazana do tada prikupljena etnografska građa i dokumentacija. Pripreme su trajale nekoliko godina. U periodu 1953. godine djelomično je riješenna postavka da bi u 1954. godini određen veći budžet za otkup predmeta što je rezultiralo otvaranjem stalne postavke 14. februara 1955. godine sa dva muzejska odjeljenja, odjeljenje NOB-a i etnografsko odjeljenje. Postavka se naravno i sljedećih godina dopunjavala na način otkupa predmeta i donacije građana.
Dana 27. jula 1961. godine Muzej otvara novu, savremenu, stalnu postavku sa 14000 eksponata. Postavku većinom čine, eksponati na temu Narodne revolucije, a otvorio ju je Džemal Bijedić, u to vrijeme sekretar Sekretarijata za zakonodavstvo SIV-a.
Dana 27. jula 1965. godine otvorena je izložba „Prošlost Mostara“ koja je bila kombinovana historijsko-arheološka postavka i prikazivala je razvoj Mostara od neolita do dolaska Austrougarske monarhije. Park ispred i iza zgrade Ćejvan Ćehajina vakufa bio je uređen kao arheološka izložba na otvorenom prostoru. U unutrašnjem prostoru bila je postavljena poznata maketa grada koju je uradio maketar iz Sarajeva Huso Karišik.
Cjelokupna postavka je u ratu uništena, a objekat nije više u posjedu Muzeja.
Za potrebe odjeljenja književnosti adaptirana je rodna kuća Svetozara Ćorovića. Kako navodi profesor Ivan Kordić, dugogodišnji kustos u tom odjeljenju, brojni su problemi pratili sve ranije pokušaje da se prikupi, obradi i prezentira ogromno hercegovačko pisano blago. Tek dobijanjem kuće književnika Svetozara Ćorovića, odjeljenje književnosti je donekle riješeno, a zvanično počinje sa radom 1968. godine.
Stalna postavka „Život i rad Alekse Šantića“ otvorena je 20.03.1969. godine.
Period 70-tih godina obilježava rad muzeja kroz svoja odjeljenja gdje se ostvaruju zavidni rezultati. To vrijeme karakterizira i početak intenzivnog rada historijsko-arheološkog odjeljenja. Izdvajamo završetak konzervatorskih radova na arheološkim iskopinama u Žitomislićima.
U periodu od maj /juni 1972. godine muzej je vršio iskopavanja prahistorijskih tumulusa na prostoru Gubavice. Rezultati iskopavanja su potvrdili da otkriveni arheološki objekti iz Gubavice vremenski pripadaju starijoj i mlađoj fazi glasinačke kulture. Etnološko odjeljenje osim redovnih poslova na brizi o vrijednim predmetima radi i na naučnom projektu migracija u Hercegovini, te prikuplja podatke o porijeklu porodica i sela ovih prostora.
Muzej svakodnevno radi na višestrukim naučnim istraživanjima (dokumentacionim, arheološkim, historijskim). Istraživanja sprovede zaposleni u muzeju ali je uloga muzeja da podstiče i spoljne saradnike da proučavaju predmete i drugu građu koja se čuva u muzeju.
Izdavačka djelatnost zauzima posebno mjesto u aktivnostima Muzeja Hercegovine. Muzej je uključen u kulturni i društveni život grada i regije. Animacija djeluje kao pokretačka snaga u muzejskoj instituciji i ispoljava se u različitim formama kao: privremene izložbe, posjete sa vodičima, predavanja, koncerti, radionice, svakovrsni događaji i predstave.
U Odjeljenju književnosti se konzervira zbirka pjesama Alekse Šantića u rukopisu od 200 stranica, te Muzej Hercegovine sa časopisom „Sloboda“ organizira prve „Šantićeve večeri poezije“ 30.06.1969. godine, manifestaciju koja će postati jedna od najpoznatijih manifestacija ove vrste u Bosni i Hercegovini i šire.
Izdvajamo ovdje i terenski rad etnološkog odjeljenja u gradovima Prozor, Posušje, Čitluk, Mostar, Nevesinje, Konjic te nastavak rada na arheološkim projektima u 1974. godini na prostorima: Malo Polje, Krehin Gradac, Kruševo, Vihovići, Prozor i dr. Izvršena je rekonstrukcija keramičkih posuda dobijenih arheološkim iskopavanjima prahistorijskih tumula na lokalitetu Gorica u Malom Polju kod Blagaja. Ovo je odjeljenje nastavilo odličnu suradnju sa Zemaljskim muzejem Sarajevo.
Rad Muzeja Hercegovine u ovom periodu bio je u velikom usponu. Muzej je raspolagao sa mnogim muzejskim predmetima od kojih velik broj iznimne vrijednosti. Stručni radnici Muzeja postigli su zavidan nivo naučnog i istraživačkog rada od kojih je veliki broj radova i objavljen. Postavke Muzeja je posjetio velik broj posjetilaca. Ta uloga Muzeja u općem javnom i kulturnom ambijentu grada nije prošla neopaženo pa je Muzej 1976. godine dobio „14. februarsku“ nagradu grada Mostara.
Kao depadans Muzeja Hercegovine 22. aprila 1981. godine otvorena je i Spomen kuća Džemala Bijedića. Za nosioca muzeološke djelatnosti određen je Muzej Hercegovine.
Dana 29. novembra 1984. godine, također kao depadanas Muzeja Hercegovine, otvorena je još jedna spomen kuća, kuća Gojka Vukovića u kojoj je postavljena stalna izložba pod nazivom „Gojko Vuković, život i revolucionarni rad“. Izložbu je sačinjavalo 260 eksponata. Kuća od 1993. godine nije u posjedu Muzeja Hercegovine Mostar.
Vrlo važno je u ovom vremenu spomenuti i pokretanje i izdavanje časopisa „Hercegovina“, periodične publikacije za kulturno-historijsko i prirodno nasljeđe vrlo prepoznatljive u naučnim krugovima BiH i šire, koju su 1981. godine zajedničkim naporima pokrenuli Muzej Hercegovine, Arhiv Hercegovine, te Zavod za zaštitu kulture i prirode Mostar i čije izlaženje traje do danas.
Kraj rata, devedesetih godina prošlog stoljeća, u gradu koji je doživio urbicid, Muzej Hercegovine dočekuje sa velikim ratnim posljedicama. Sagledavajući navedene posljedice i definirajući svoju ulogu prema budućnosti, Muzej Hercegovine polazi od činjenica da je struktura muzeja sačuvana u jednoj maloj jezgri, u ostatku dijela ranijeg muzejskog prostora, u dijelu spašenih zbirki i na kraju u malobrojnom muzejskom kadru. To će biti osnova za dalje aktivnosti i razvoj Muzeja u budućnosti.
Od marta mjeseca 1994. godine počinje intezivni rad na sređivanju i tretmanu spašenih muzealija od strane radnika Muzeja na čelu sa direktorom Sabitom Hodžićem. U decembru 1999. godine Muzej se ponovo vraća u spomen kuću Džemala Bijedića. Uporedo teku i aktivnosti za povrat kuće Svetozara Ćorovića. Kuća je otvorena 8. juna 2000. godine.
Stari most je upisan na listu svjetske baštine UNESCO 2005. godine, .Muzejska postavka o Starom mostu u odjelu „Muzej Stari most“ otvorena je 2006. godine kao novi odjel.
Novi odjel sa stalnom postavkom tzv. Interpretacijski centar MUM otvoren je 2014. godine.
Sa svojom postavkom nudi novosti u smislu prezentacije i interpretacije kulturne baštine i tradicije ovog kraja. Interpretacijski centar krasi i vrijedna etnološka postavka koja po svojoj koncepciji otvara priču iz duhovnog života na ovim prostorima. Izgradnja odjela je bio povod za nominaciju Muzeja Hercegovine za Europsku nagradu muzeja EMYA 2016 (San Sebastijan – Španija).
Muzej svakodnevno radi na višestrukim naučnim istraživanjima (dokumentacionim, arheološkim, historijskim,). Istraživanja sprovede zaposleni u muzeju ali je uloga muzeja da podstiče i spoljne saradnike da proučavaju predmete i drugu građu koja se čuva u muzeju.
Izdavačka djelatnost zauzima posebno mjesto u aktivnostima Muzeja Hercegovine.
Muzej je uključen u kulturni i društveni život grada i regije. Animacija djeluje kao pokretačka snaga u muzejskoj instituciji i ispoljava se u različitim formama kao: privremene izložbe, posjete sa vodičima, predavanja, koncerti, radionice, svakovrsni događaji i predstave.
Od izložbi koje su ostale upamćene u duhu gore navedenih animacijskih obilježja spomenuli bi ovdje neke izložbe; izložba UNESCO BiH u sklopu Sarajevske zime 2008. godine u kojoj su učestovali gradovi sa liste i gradovi kandidati Bosne i Hercegovine za listu UNESCO; promocija „Stablo Kotromanića“ u Mostaru 2008. godine; „Otisci pečata srednjovjekovne Bosne“- izložba iz fundusa Muzeja Hercegovine iz 2008. godine; izložba „Umjetnost bosanske musandere“ i izložba „Faksimili srednjovjekovne bosanske književnosti“ sa Forumom Bosna iz 2017.; izložba „Bašluci velikog i malog Carinskog haremau Mostaru“ iz 2000. godine; etnološka izložba o vezu „Djela naših ruku“ 2008; etnološka izložba „Mostar kroz stoljeća“ 2012.; izložba „BiH- štampa od referenduma do nezavisnosti“ iz 2015. godine; izložba „ ZAVNOBiH u izgradnji BiH državnosti“ iz 2015.; izložba „Administrativno-pravni i politički karakter BiH kroz stoljeća“ iz 2016.; serija izložbi o Džemalu Bijediću u povodu obilježavanja godišnjice njegove pogibije; izložba „100 godina od posjete cara Franje Josipa“ Mostar 2010.; dvije izložbe o Srebrenici, prva iz 2011. godine sa Arhivom Tuzlanskog kantona i druga pod nazivom „ Kad je vrijeme stalo“ iz 2017.; izložba „Tragovi prošlosti“ iz 2020. godine: , izložbe „Hamza Humo u zbirci Muzeja Hercegovine Mostar“ i izložba o „Aleksa Šantić u zbirci Muzeja Hercegovine Mostar“; “Izložba informativnog plakata u Mostaru iz perioda Jugoslavije“ 2020.; izložba „Upravni položaj grada Mostara 1833-1918.“ 2020.itd…
2020. godinu Muzej Hercegovine je dočekao kao godinu u kojoj obilježava 70 godina neprekidnog rada i djelovanja.