Le début effectif des travaux du musée indigène a commencé le 24 avril 1950. Il y avait environ 40 citoyens dans la conférence fondatrice, le ministre adjoint de l’Éducation de Bosnie-Herzégovine Vlajko Ubavić, le directeur du Musée national de Sarajevo Špiro Kulišić, le commissaire du Comité populaire régional pour l’éducation Mihajlo Laličević.
Les suivants ont été élus à ce conseil : Radovan Papić, président, Dušan Grk, vice-président du Comité populaire régional, Husaga Ćišić, Sava Semiz, Fr. Pavo Dragičević, professeurs : Boso Miladin, Munevera Mahić, Dimitrije Kurilić, Sulejman Kulenović, Duško Čapin, Filip Bašić et Božo Pejković ; puis commissaire à l’éducation et à la culture ONO Mihajlo Laličević, Safet Čišić, Nada Bitanga-Novak, Mile Ratković, Puba Losse, Mirko Bruk, Hasan Dedić, Karlo Afan de Rivera, Zorka Ostojić, Dobro Kuljić et Malaček.
Les quatre départements du Musée : Département d’Histoire, d’Archéologie, d’Ethnologie et de Littérature sont devenus et restent la base de travail jusqu’à aujourd’hui.
Déjà en 1955, la première exposition permanente a été ouverte, où étaient exposés les matériaux ethnographiques et la documentation collectés jusqu’à cette époque. Les préparatifs ont duré plusieurs années. Dans la période de 1953, l’exposition a été partiellement résolue, de sorte qu’en 1954, un budget plus important pour l’achat d’objets serait déterminé, ce qui a abouti à l’ouverture d’une exposition permanente le 14 février 1955, avec deux départements du musée, le département NOB et le département ethnographique. Bien sûr, l’exposition a été complétée dans les années suivantes par l’achat d’articles et les dons des citoyens.
Le 27 juillet 1961, le Musée a ouvert une nouvelle exposition permanente moderne avec 14 000 pièces. L’exposition se compose principalement d’expositions sur le thème de la Révolution populaire et a été inaugurée par Džemal Bijedić, à l’époque secrétaire du Secrétariat à la législation du SIV.
Le 27 juillet 1965, l’exposition « Le passé de Mostar » a été inaugurée, qui était une exposition historique et archéologique combinée et montrait le développement de Mostar du néolithique à l’arrivée de la monarchie austro-hongroise. Le parc devant et derrière le bâtiment de la fondation Ćejvan Ćehaji a été aménagé comme une exposition archéologique en plein air. Dans l’espace intérieur, un célèbre modèle de la ville a été placé, réalisé par un maquettiste de Sarajevo, Huso Karišik.
L’ensemble de l’exposition a été détruit pendant la guerre et l’objet n’est plus en la possession du Musée.
La maison natale de Svetozar Ćorović a été adaptée aux besoins du département de littérature. Selon le professeur Ivan Kordić, conservateur de longue date dans ce département, de nombreux problèmes ont accompagné toutes les tentatives antérieures de collecte, de traitement et de présentation de l’énorme trésor écrit herzégovinien. Ce n’est qu’avec l’acquisition de la maison de l’écrivain Svetozar Ćorović que le département de littérature a été quelque peu résolu et a officiellement commencé ses travaux en 1968.
L’exposition permanente « La vie et l’œuvre d’Alekse Šantić » a été inaugurée le 20 mars 1969. ans.
La période des années 70 marque le travail du musée à travers ses départements, où des résultats enviables sont obtenus. Cette époque est également caractérisée par le début d’un travail intensif du département historico-archéologique. Nous soulignons l’achèvement des travaux de conservation des fouilles archéologiques à Žitomislići.
Dans la période de mai/juin 1972, le musée a fouillé des tumulus préhistoriques dans la région de Gubavica. Les résultats des fouilles ont confirmé que les objets archéologiques découverts à Gubavica appartiennent aux phases plus ancienne et plus jeune de la culture Glasinac. En plus des tâches régulières de prise en charge des objets de valeur, le département ethnologique travaille également sur un projet scientifique sur les migrations en Herzégovine, et collecte des données sur les origines des familles et des villages dans ces zones.
Muzej svakodnevno radi na višestrukim naučnim istraživanjima (dokumentacionim, arheološkim, historijskim). Istraživanja sprovede zaposleni u muzeju ali je uloga muzeja da podstiče i spoljne saradnike da proučavaju predmete i drugu građu koja se čuva u muzeju.
Izdavačka djelatnost zauzima posebno mjesto u aktivnostima Muzeja Hercegovine. Muzej je uključen u kulturni i društveni život grada i regije. Animacija djeluje kao pokretačka snaga u muzejskoj instituciji i ispoljava se u različitim formama kao: privremene izložbe, posjete sa vodičima, predavanja, koncerti, radionice, svakovrsni događaji i predstave.
U Odjeljenju književnosti se konzervira zbirka pjesama Alekse Šantića u rukopisu od 200 stranica, te Muzej Hercegovine sa časopisom „Sloboda“ organizira prve „Šantićeve večeri poezije“ 30.06.1969. godine, manifestaciju koja će postati jedna od najpoznatijih manifestacija ove vrste u Bosni i Hercegovini i šire.
Izdvajamo ovdje i terenski rad etnološkog odjeljenja u gradovima Prozor, Posušje, Čitluk, Mostar, Nevesinje, Konjic te nastavak rada na arheološkim projektima u 1974. godini na prostorima: Malo Polje, Krehin Gradac, Kruševo, Vihovići, Prozor i dr. Izvršena je rekonstrukcija keramičkih posuda dobijenih arheološkim iskopavanjima prahistorijskih tumula na lokalitetu Gorica u Malom Polju kod Blagaja. Ovo je odjeljenje nastavilo odličnu suradnju sa Zemaljskim muzejem Sarajevo.
Rad Muzeja Hercegovine u ovom periodu bio je u velikom usponu. Muzej je raspolagao sa mnogim muzejskim predmetima od kojih velik broj iznimne vrijednosti. Stručni radnici Muzeja postigli su zavidan nivo naučnog i istraživačkog rada od kojih je veliki broj radova i objavljen. Postavke Muzeja je posjetio velik broj posjetilaca. Ta uloga Muzeja u općem javnom i kulturnom ambijentu grada nije prošla neopaženo pa je Muzej 1976. godine dobio „14. februarsku“ nagradu grada Mostara.
Kao depadans Muzeja Hercegovine 22. aprila 1981. godine otvorena je i Spomen kuća Džemala Bijedića. Za nosioca muzeološke djelatnosti određen je Muzej Hercegovine.
Dana 29. novembra 1984. godine, također kao depadanas Muzeja Hercegovine, otvorena je još jedna spomen kuća, kuća Gojka Vukovića u kojoj je postavljena stalna izložba pod nazivom „Gojko Vuković, život i revolucionarni rad“. Izložbu je sačinjavalo 260 eksponata. Kuća od 1993. godine nije u posjedu Muzeja Hercegovine Mostar.
Vrlo važno je u ovom vremenu spomenuti i pokretanje i izdavanje časopisa „Hercegovina“, periodične publikacije za kulturno-historijsko i prirodno nasljeđe vrlo prepoznatljive u naučnim krugovima BiH i šire, koju su 1981. godine zajedničkim naporima pokrenuli Muzej Hercegovine, Arhiv Hercegovine, te Zavod za zaštitu kulture i prirode Mostar i čije izlaženje traje do danas.
Kraj rata, devedesetih godina prošlog stoljeća, u gradu koji je doživio urbicid, Muzej Hercegovine dočekuje sa velikim ratnim posljedicama. Sagledavajući navedene posljedice i definirajući svoju ulogu prema budućnosti, Muzej Hercegovine polazi od činjenica da je struktura muzeja sačuvana u jednoj maloj jezgri, u ostatku dijela ranijeg muzejskog prostora, u dijelu spašenih zbirki i na kraju u malobrojnom muzejskom kadru. To će biti osnova za dalje aktivnosti i razvoj Muzeja u budućnosti.
Od marta mjeseca 1994. godine počinje intezivni rad na sređivanju i tretmanu spašenih muzealija od strane radnika Muzeja na čelu sa direktorom Sabitom Hodžićem. U decembru 1999. godine Muzej se ponovo vraća u spomen kuću Džemala Bijedića. Uporedo teku i aktivnosti za povrat kuće Svetozara Ćorovića. Kuća je otvorena 8. juna 2000. godine.
Stari most je upisan na listu svjetske baštine UNESCO 2005. godine, .Muzejska postavka o Starom mostu u odjelu „Muzej Stari most“ otvorena je 2006. godine kao novi odjel.
Novi odjel sa stalnom postavkom tzv. Interpretacijski centar MUM otvoren je 2014. godine.
Sa svojom postavkom nudi novosti u smislu prezentacije i interpretacije kulturne baštine i tradicije ovog kraja. Interpretacijski centar krasi i vrijedna etnološka postavka koja po svojoj koncepciji otvara priču iz duhovnog života na ovim prostorima. Izgradnja odjela je bio povod za nominaciju Muzeja Hercegovine za Europsku nagradu muzeja EMYA 2016 (San Sebastijan – Španija).
Muzej svakodnevno radi na višestrukim naučnim istraživanjima (dokumentacionim, arheološkim, historijskim,). Istraživanja sprovede zaposleni u muzeju ali je uloga muzeja da podstiče i spoljne saradnike da proučavaju predmete i drugu građu koja se čuva u muzeju.
Izdavačka djelatnost zauzima posebno mjesto u aktivnostima Muzeja Hercegovine.
Muzej je uključen u kulturni i društveni život grada i regije. Animacija djeluje kao pokretačka snaga u muzejskoj instituciji i ispoljava se u različitim formama kao: privremene izložbe, posjete sa vodičima, predavanja, koncerti, radionice, svakovrsni događaji i predstave.
Od izložbi koje su ostale upamćene u duhu gore navedenih animacijskih obilježja spomenuli bi ovdje neke izložbe; izložba UNESCO BiH u sklopu Sarajevske zime 2008. godine u kojoj su učestovali gradovi sa liste i gradovi kandidati Bosne i Hercegovine za listu UNESCO; promocija „Stablo Kotromanića“ u Mostaru 2008. godine; „Otisci pečata srednjovjekovne Bosne“- izložba iz fundusa Muzeja Hercegovine iz 2008. godine; izložba „Umjetnost bosanske musandere“ i izložba „Faksimili srednjovjekovne bosanske književnosti“ sa Forumom Bosna iz 2017.; izložba „Bašluci velikog i malog Carinskog haremau Mostaru“ iz 2000. godine; etnološka izložba o vezu „Djela naših ruku“ 2008; etnološka izložba „Mostar kroz stoljeća“ 2012.; izložba „BiH- štampa od referenduma do nezavisnosti“ iz 2015. godine; izložba „ ZAVNOBiH u izgradnji BiH državnosti“ iz 2015.; izložba „Administrativno-pravni i politički karakter BiH kroz stoljeća“ iz 2016.; serija izložbi o Džemalu Bijediću u povodu obilježavanja godišnjice njegove pogibije; izložba „100 godina od posjete cara Franje Josipa“ Mostar 2010.; dvije izložbe o Srebrenici, prva iz 2011. godine sa Arhivom Tuzlanskog kantona i druga pod nazivom „ Kad je vrijeme stalo“ iz 2017.; izložba „Tragovi prošlosti“ iz 2020. godine: , izložbe „Hamza Humo u zbirci Muzeja Hercegovine Mostar“ i izložba o „Aleksa Šantić u zbirci Muzeja Hercegovine Mostar“; “Izložba informativnog plakata u Mostaru iz perioda Jugoslavije“ 2020.; izložba „Upravni položaj grada Mostara 1833-1918.“ 2020.itd…
2020. godinu Muzej Hercegovine je dočekao kao godinu u kojoj obilježava 70 godina neprekidnog rada i djelovanja.