Građa koju posjeduje biblioteka  muzeja je sistematski prikupljana od osnivanja muzeja, a odnosi se na oblasti arheologije, historije, etnologije i druge  stručne i naučne literature.

Knjižni fond koji  biblioteka sadrži je oko 12 hiljada knjiga.  Najstariji rukopis u biblioteci  Muzeja Hercegovine potjece čak iz 15 stoljeća, tačnije  iz 1413 godine.

Pored izuzetno vrijednih knjiga biblioteka posjeduje i značajnu zbirku periodike. Spomenimo mostarske časopise Slobodu i časopis Biser. Časopis Sloboda  je sačuvan u proteklom ratu.

 U povodu 100 godina smrti pjesnika Muse Ćazima Ćatića, jednog od urednika Bisera, Muzej Hercegovine je digitalizirao časopisa  Biser i zajedno sa reprintom ustupio široj javnosti.